Za čiščenje medzobnih prostorov uporabljamo zobno nitko ali če so medzobni prostori široki je bolje uporabljati interdentalno ščetko. Interdentalne ščetke so zelo priročne za čiščenje težje dostopnih mest pod členi mostičkov, okoli ortodontskih breketov in okoli implantatov.
Medzobno ščetko uvedemo pravokotno na medzobni prostor in z nekaj gibi notri-ven očistimo medzobni prostor. Če pri tem dlesni zakrvavijo pomeni da so vnete zaradi plaka in moramo to mesto temeljito očistiti. Ko v medzobnem prostoru ne bo več plaka se bo tudi vnetje umirilo in krvavitve bodo ponehale.